Видатний судовий оратор.
Анатолій Федорович керував слідством у справі про катастрофу потягу імператора Олександра III під Харковом 1888 року. Очолював розслідування у справі про загибель пароплава «Володимир» влітку 1894 року в Одесі.
1890 року в Харківському університеті Анатолію Коні за сукупністю робіт було надано ступінь доктора кримінального права.
Відома його позиція з приводу занадто м'якої позиції присяжних:
«Милосердя ж, що спонукало присяжних виправдовувати підсудного, коли, безсумнівно, скоєний ним злочин викликаний гострою потребою або нелюдськістю потерпілого, - <...> було вищим благом, ніж механічне слідування букві закону».